《新倚天剑与屠龙刀》所提供的独门秘药系统就是游戏的一大创新。君臣佐使、上古配方，贯穿了中国上下五千年的中药文化，都在游戏中得到忠实的再现。
玩家收集到足够的药材，32级后，就可到药店炼药，每一个药材都有自己的属性，比如性寒、滋补、理气、益气增元，要通过这些属性分析药材的功效，寻求最合理的药材搭配和火候才能炼制出好药。
玩家在开封城的胡大夫处就可炼药。点击炼药之后按顺序放入君、臣、佐、使、引五类共九味药材，然后点选三种火力按钮选择火候。这时候点击确定，就会在药香四溢之后看见由玩家自己炼制的相应药品。不同等级的药材，搭配不同性质的药方，乃至细微的火候差异，都会得到不同的炼药结果。哪怕是某一次的试验没有成功，也是一次有趣的药学实践。
当玩家成功炼药后，可以选择保存6个药方。系统默认保存最近3次成功的药方。游戏人性化地为玩家设计了“快速炼药”的功能。玩家选择药方后，只要行囊里有足够的原料，点击快速炼制，再输入想要炼制的数目，就可以瞬间炼制出想要的药物。
值得关注的是，《新倚天剑与屠龙刀》的秘药系统不仅能炼制出神丹妙药，还有机会打造出加延长宠物寿命、增加特殊属性的道具，秘药系统正在发展成为《新倚天剑与屠龙刀》创新的生产系玩法。
