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由于M1928系列冲锋枪结构复杂、加工繁琐，当二战爆发、美国陆军认识到冲锋枪的重要性后，急需大量装备，所以简化生产工艺就被提到了重要议事日程上。此前已在M1928的基础上进行了一些小改进，如省略了机匣上复杂的立框标尺，改为钢板折弯的简易觇孔标尺，为防止反光觇孔四周有滚花，同时其上开有一个缺口，觇孔、缺口分别对应100米和200米射程，此外还取消了枪管外部的散热槽。但1941年萨贝迪军械公司的简化设计才是决定性的。该公司的技师们经研究发现，M1928中“H”形黄铜延迟块及滑槽都要求有很高的精度与光洁度，是导致加工成本和工时过高的主要原因，但如果增大枪机的质量，即使不安装延迟块也能安全地射击。改进过的汤姆逊就变成了冲锋枪中最常见的自由枪机原理，这种改进能大大简化机匣和枪机的加工，减少25美元的成本。
M1进一步简化即成了M1A1，后者是最后一款军用汤姆逊冲锋枪。M1A1与M1的外观基本相同，不同的地方是M1A1取消了M1枪机上的三角形击铁，改活动击针为固定击针。另外下机匣左侧的保险扳手和射击选择扳手也简化为插入式单销轴旋转式样。M1A1在钢板冲压的标尺两侧安装了三角形护翼，防止落地时标尺受外力变形，同时枪托增加了贯通式交叉螺钉，提高了枪托对冲击的耐受性。M1A1冲锋枪是在1942年10月正式定型的，当年生产了8552支，1943年产量为526500支。1944年M1停产以后，M1A1继续生产了4091支。M1A1是汤姆逊系列冲锋枪中最容易加工、成本最低的一种，1944年一支带有备件的M1A1成本仅45美元。