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《红色警戒 3 》游戏中将有 3 个势力强大、截然不同的阵营：俄军、盟军和新引进的升阳帝国，为了称霸世界而战。不同于其他游戏利用电脑动画来陈述故事，《红色警戒 3》采用了在好莱坞实地拍摄的高画质真人影片，并集结了各大制作人员以及知名演员。在游戏中，尽管都建构在同样的游戏设定之上，每个阵营还是拥有属于自己的故事。
故事情节:
强大的苏俄军队节节败退。盟军准备一举攻入克里姆林宫，劳工阶级揭竿起义，战败的总理已经‘转进’到不知道什么地方去。经过多年的战乱，胜利以及和平即将到手。
为了免于战败，极少数忠于俄军的人士将希望放在未经测试的秘密武器‘俄军时空机器’之上。库可夫将军（安德鲁．迪沃夫饰演），以及他的副官查丹科上校（提姆．柯瑞饰演）回到过去打赢爱因斯坦，并抢在战争开始前数十年，解决了他们的关键科学首脑。
在查丹科总理的领导下，俄军即将在欧洲击溃盟军。而英国在宾汉将军（强纳森．普莱斯饰演）的坚决捍卫下，成功地抵挡了俄军的进犯。然而此时升阳帝国却悄悄地坐大，神圣的天皇芳朗（乔治．竹井饰演）选择在此时刻发动攻击。天皇的帝国军队带来了巨大威胁，准备将俄军和盟军从地球上消灭殆尽。
游戏合作:游戏中的三大阵营，各自拥有不同的造型与风貌、专属的部队、建筑物、辅助能力、升级和部队特殊能力。而每个任务都特别针对合作游戏进行设计，因此，在进行三大战役时，也可以选择与 1 名好友，或是 9 位电脑副指挥官之一并肩作战
虽然每个战役都有不同的剧情发展，但一切都从总理查丹科和库可夫将军击杀爱因斯坦开始。每个战役都有 9 项任务，首次进行游戏的玩家，若想完成这三个战役，大约得花费 25 小时以上的时间。此外，开放式的结局游戏机制、多种困难度、额外目标，以及隐藏的情报资料库，为玩家带来反覆重玩这些任务的动机。