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时值1960年，Jack所乘坐的飞机在大西洋上空失事坠毁，大难不死的Jack随后通过一个神秘的潜水潜水舱来到了海底城市-Rapture。Rapture是前苏联妄想家Andrew Ryan一手打造的理想化乌托邦，能来到Rapture定居的都是那些经过Andrew Ryan亲自严格筛选的科学家，艺术家等精英分子。由于得到了海底火山口热能源源不断的供应，环列Rapture周围的巨塔及连接其之间的海墙筑成了稳固的壁垒，城中的电力和淡水、食物等资源都实现了自给自足。有这么一个让自己心无旁骛地尽展所长的乌托邦，人类的精英分子自然趋之若鹜，随着时间的推移，Rapture的人口、经济和科学、文化在19世纪60年代达到了顶峰，不同阶层之间的矛盾冲突也暂时被这番繁荣的景象给遮掩住了。然而，Rapture的繁荣稳定并没有能维持多久，一个突如其来的科学发现成为了Rapture极权主义矛盾冲突加剧的催化剂。因为科学家在深海发现了一种奇异的海蜗牛可以分泌一种奇特的干细胞，这种被称作ADAM的物质起初只是用于医疗方面，但随着科学家对ADAM的深入研究，他们以ADAM为基础发明了可用于基因改造的物质-EVE，EVE可以让人类的身体机能突破理论极限，但却必须接受变异发狂的不良后果。
大老爹与小萝莉
为了挑战Rapture权利象征的Andrew Ryan，投机者Frank Fontaine一方面大力提倡EVE产品的好处，借机提升自己的经济实力，另一方面，则大肆渲染Andrew Ryan专横独裁的负面信息，藉此鼓励Rapture的居民一起来推翻Andrew Ryan。随着越到越多人受到EVE产品的诱惑而无法自拔，Rapture的局势也变得一发不可收拾，越来越多的居民因为过量使用EVE产品而变异发狂，为了获得原生的ADAM而不惜滥杀无辜。为了应付这种情况，科学家特意研发了专门用于培育Little Sister的Little Wonder，并制造出生物机械人Big Daddy来保障Little Sister的安全，让她们能顺利地采集到尸体身上的ADAM，然后透过Little Sister和海蜗牛结合的身体特质将ADAM纯化成原生状态。如何从Rapture这个已经沦为人间炼狱的海底城市中逃出生天？如何拯救Little Sister？始作俑者的阴谋家Frank Fontaine、妄想家Andrew Ryan与Jack有着怎样剪不断，理还乱的纠葛？一切的谜底都将在《BioShock》当中一一水落石出。
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