说到波旁，根据一些资料记载，这个品种来自于也门，是铁皮卡的自然变种。在17世纪初，被法国传教士从也门引入到马达加斯加岛屿以东680公里处的马斯克林群岛。在法国人占领该岛后，就将该岛命名为波本岛（法语：ÎleBourbon，又译波旁岛，现在的留尼汪岛），同时也给这批也门咖啡起名为波旁咖啡。
在18世纪的时候，留尼汪岛成为法国人培育也门波旁咖啡的苗圃，直到19世纪中叶，随着法国圣灵教会传教士的宣教之旅，波旁咖啡开始被带往非洲与南美种植。
在传入南美洲时，最先到达的就是巴西南部坎皮纳斯（Campinas），当时巴西主要种植铁皮卡品种，但是波旁对比起铁皮卡品种来说，虽然同样容易受疾病和虫害侵扰，但是波旁品种的产量更高，因此迅速扩展的巴西其他地区种植，并且逐渐扩散到南美洲和中美洲其他国家种植。
但是后来随着咖啡行业的发展，经过不断移植、突变和杂交，也孕育出好多咖啡品种，因此目前在拉丁美洲地区，波旁品种大部分被其变种代替（卡杜拉Caturra、卡杜艾Catuai、新世界Mundo Novo等），只有巴西、萨尔瓦多、秘鲁等国仍有种植波旁。
不过，一般的咖啡树在开花结果后，果实颜色会从绿色转变的微黄色，渐渐地变成橙色，最后到了成熟的时候会变成红色或者更熟的深红色。不过，波旁品种比较特别，因波旁在经过近百年的繁衍，开始出现突变品种，还出现了颜色突变，如黄波旁（Yellow Bourbon ）、橙波旁（Orange Bourbon）以及粉红波旁（Pink Bourbon），而一般常见的波旁种，为了区分也被称为红波旁。
根据一些记载，黄波旁最初在1930年代，巴西圣保罗州的Pederneiras市，一间种植波旁的农场所发现的，有部分人认为这是红波旁的自然变种，不过也有说法是红波旁种与“Amerelo de Botocatu（1871年在圣保罗州发现的结黄色果实的铁皮卡变异品种）”的自然繁殖。
后来巴西Campinas农业研究所（IAC）开始对这咖啡进行研究，并于1950年代发布几款黄波旁的商用品种。虽然，黄波旁咖啡成熟时间较快，甜味、香气都较红波旁明显，且有明显柑橘酸质，但其产量比红波旁要低，对咖啡疾病的抵抗力也更差，因此只有巴西圣保罗州部分地区有种植。在前街咖啡，就有款来自巴西圣保罗州的摩吉安娜产区皇后庄园的黄波旁咖啡豆，冲煮后会有有果实甜感，有甘蔗、巧克力和花生等坚果风味，微弱干净的苦感，口感柔滑细腻。
橙波旁最初是在萨尔瓦多发现，是咖啡果实颜色基因的自然突变种，不过有时候会容易和哥伦比亚的“粉红波旁”所混淆。
在近些年的哥伦比亚赛事中会经常出现一个较新的品种，那就是粉红波旁，因咖啡果实颜色为淡雅柔和的粉红色而得名。最初，粉红波旁是由红波旁，和黄波旁通过杂交培育而成混血结晶，而其外表的粉红色属于隐形基因，一旦遇到红色，或是黄色这类显性基因就会被掩盖，显现不出来，因此该品种即使抗病性特强，但很不容易维持稳定的产出，产量极低。并须将它与其他的品种分开种植，减少被其他颜色覆盖的风险。
虽然，大家都认为粉红波旁是波旁种，但后来通过基因检测发现，粉红波旁并不单是波旁种基因，大部分基因与埃塞俄比亚原生品种相似，因此还无法确定该品种的确切起源和真正身世。
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