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SEED的世界、C.E的世界，最主要的战争，无疑是由自然人(Natural)和协调者(Coordinator)之间妒忌以及怨恨带来的战争。CE.60年代后期，局势已经基本形成了由自然人一方——由大西洋联合、欧亚联邦、东亚共和国等地球国家形成的地球联合军(O.M.N.I)，和以L5的PLANT、在地球亲PLANT的大洋洲联合等为主的ZAFT，两者间的战斗。
在地球联合军仍只是使用Mistral等与作业用机械没什么分别的配备作战时，
ZAFT首先投入了革命性的新型兵器——MS(Mobile Suit机动战士)。
MS的祖先是在宇宙空间工作的、以电力驱动的Power Suit(或Loader)(强化宇宙服)，在对木星航行的探险船齐奥尔科夫斯基由乔治•葛伦首次应用。在CE.63，PLANT开始秘密设计用于军事用途的机动战士。第一个原型在CE.65秘密完成，称为“YMF-01B Proto Ginn”(有种说法，该试作1号机的名称是“ZAFT”)。二年后，第一批量产型MS “ZGMF-1017 GINN”开始投产，而原型Ginn则更改编号为ZGMT-01，成为了新兵训练用的“训练型Ginn”。在其公开之后，便不断的在各场战斗中将联合军的旧式武装玩弄于鼓掌之中。在这个被限定了的战场中，在物量上逊色的ZAFT能保持优势的最大原因就是MS的存在。对ZAFT来说这个兵器正是比自然人优胜的证据，是作为协调者的骄傲的表现。
CE70.6.2，双方在格利马尔迪战线的联合重要资源供给基地恩底弥翁环形山展开了攻防战。联合军首次投入了新型MA——“TS-MA2 Moebius”莫比乌斯。
由拥有“过人空间认知能力”的15人中队驾驶拥有线控式桶炮的莫比乌斯大挫ZAFT的Ginn部队，然而最后还是要靠引起“独眼巨人”系统的失控造成两军的重大损失。这场战斗后，存活下来的穆·拉·佛拉达被英雄化，誉为“恩底弥翁之鹰”。此外，由于在此次战斗中只有极少数人才能操纵炮筒系统，所以在其后，取消了炮筒的普通型莫比乌斯开始大量生产并普及化，日后取代米斯特拉尔成为联合的主力MA，可选装电磁线性炮、核弹发射器、格林机炮等武装。