作为一款航海类游戏，舰船是《海洋时代》的重要组成部分之一。在游戏中，船只按照功能分为六大类：
1、商船：该类型船只共有11个等级，特点是货物舱位多，能够装载更多的货物，主要用于海上贸易。
2、战舰：该类型船只共有9个等级，特点是火炮多，装甲厚，主要用于海上作战。
3、探险船：该类型船只共有3个等级，特点是航程远，了望人员多，主要用于探索玩家未知的港口。
4、间谍船：该类型船只共有3个等级，特点是水手多，速度快，能够刺探敌人情报，然后快速逃脱，主要用于刺探敌情。
5、拖船：该类型船型共有2个等级，特点是可以俘获敌人的船只拖回码头据为已用，在很多掠夺战中，拖船可以给玩家带来巨大收获。
6、打捞船：该类型船只共有2个等级，特点是船底宽大，动力强劲，主要用于打捞沉船，已获得巨额财富。
六类船只特点鲜明，用途明确。游戏中玩家想要拥有船只有三种方法，一是在港口的造船厂购买，遗憾的是这里只出售最低等级的商船和探险船。二是在自己码头的造船厂造船，但要注意的是想要建造高等级的船只，除了提高造船厂的等级之外，还要有相应的科技配合，二者缺一不可。第三种当然就是在战争中俘获敌人的船只，你甚至可以俘获以自身科技水平还无法建造的船只，只不过俘获这种船只的几率非常低。
