《天空战记》另外一个突出之处在于新颖的游戏系统。它拥有其他传统MMORPG网游所不能及的强大系统。玩家除了选择自己所喜欢的职业人物外，活动的范围也不再是单一的野外地图与无穷尽的副本，而是一个海、陆、空三栖相互交错相互影响的奇妙世界。相比《最终幻想》系列，《天空战记》有着近乎无限的自由度与幻想空间。《最终幻想》系列的科幻剧情让每个玩家如痴如醉，而《天空战记》不但拥有一个复杂繁乱的历史背景，更会让玩家逐渐参与到剧情之中，让玩家极大限度的发挥自己的想象，在游戏中成就自己的“最终幻想”。
在角色培养方面《天空战记》亦比其他网游丰富了许多，玩家在游戏中要注意“双重培养”——即不仅要通过战斗的积累和任务完成使自身的角色成长，还要玩家自己培养与众不同独一无二的飞空艇。飞空艇更是玩家“最终幻想”的一个体现，完全自由的飞空艇构造系统，可以充分发挥自己的想象力来改造一艘性能与外观皆彰显个性的飞船，并进行飞空艇的空中战斗和令人神往的母舰大战。想象一下，驾驶着令自己骄傲的飞空艇与敌人在空中展开一场激烈的战斗并将其击毁是多么的畅快淋漓的一件美事。
《最终幻想》系列有近20部作品，其中包括了多种游戏的操作方式。而《天空战记》则沿袭了最经典的“即时制”，并突破了传统网游中“鼠标解决一切”的操作方式，其“锁定格斗”攻击模式在不增加难度的同时，给具有实力的高手玩家们更加广阔的施展空间，更加华丽的展现舞台。
