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装甲，作为大型兵器防护自身重要部位的主要手段，亦是UC时代的MS设计者相当重视的环节。对MS来说，核融炉、驾驶舱、各关节等重要部位都需要施加装甲加以保护，以保证机体的持续作战能力和驾驶者的安全，但在依靠增加装甲来提高机体防御能力的同时必然会导致机体自重的增大，这就意味着机动性能的下降。因此对于设计者来说，在装甲方面必须面临两个课题：一是其采用的装甲质材不但要有足够的强度，还要尽可能的轻盈，二是尽量减少不必要的装甲，以降低机体自重。
就前者而言，对于新质材的探索和开发可以作为一种解决的手段，联邦军成功研制高达留姆合金就是比较典型的例子。高达留姆合金在早先的一年战争时期被称为月神钛合金（ルナチタニウム/Lunar
Titanium），而由于联邦军在一年战争中创下绝大战果的传奇式MS－－RX-78-2高达（ガンダム/GUNDAM）就是使用了这种金属作为装甲质材，因此在战后便将其改称为高达留姆合金（ガンダリウム/Gundarium）。作为钛系高强度合金之一的高达留姆合金不但硬度高质量轻，还有着极强的耐热性、耐腐蚀性和放射线绝缘性，因此对于MS装甲而言可谓绝佳的材料，以它作为主要成分开发的装甲甚至可以抵御120mm扎古机枪的直击（传言当初在对装甲耐弹性进行测试时，RX-78的装甲就可以抵御1公里处61式战车150mm火炮的射击），因而被公国军士兵畏惧地称之为“怪物”（虽然高达的驾驶者阿姆罗少尉高超的驾驶技术是高达活跃的重要原因，但不可否认RX-78那身在当时可谓超强的装甲也是使高达能够成为传奇式MS的重要因素）。然而遗憾的是，由于其所需钛合金的分离、加工技术难度极大，加之作为其合金成分的稀有金属十分昂贵，因此一年战争时期联邦军中只有极少部分的试作机和高性能机体使用了高达留姆合金，其他的量产型MS只能使用钛合金和陶瓷等复合材料制成的装甲。
由于提炼高达留姆合金所必须的部分稀有金属只有在月神2号上才有出产（这也是最初将其称之为月神钛合金的原因），一年战争时期公国军自然也就无法掌握到高达留姆合金的提炼技术。公国系的MS是使用了超高硬度钢合金（超硬スチール合金/注:1）作为装甲的主要质材，不过也有部分机体的装甲被确认是钛合金及陶瓷等复合材料构成，考虑到当时公国军五花八门的MS开发计划，出现这样的情况也就不足为奇了。值得一提的是,公国军MA所使用的装甲质材到是显得颇为神秘，由于各型MA的开发计划相对独立且生产数量极少，而联邦军战后在公国制MA的技术情报接收方面又收获甚微，因此公国军MA的装甲到底是采用了何种金属至今仍然不明。此外，早期的部分资料中还记载着公国军战斗机的装甲是一种被称为吉恩尼姆（ジァ∷ウム）的金属所构成的，并称这是一种类似于高达留姆合金的特殊金属，但目前官方已经澄清，这其实只是一种以铝为主要成分的飞机合金的别名而已，而这种金属也被广泛运用于联邦军的航空兵器之上。